A igreja foi fundada em 1552 sob a invocação de São Luís, rei de França, destinada a servir de local de culto à comunidade francesa residente em Lisboa. Em 1622 concluem-se as obras, e no primeiro quartel do século XVIII colocam-se os altares marmóreos de fabrico italiano, bem como a pintura de um deles segundo encomenda de Luís XV de França.
Em 1755, a Igreja, situada nas portas de Santo Antão, sofre grandes danos com o terramoto e com o incêndio subsequente. Em 1768 colocam-se os três altares marmóreos, executados pelo escultor genovês Pasquale Bocciardo (1705-1791) segundo encomenda de Luís XV de França. No século XIX o imóvel passa para a posse do Estado Francês e em 1882 é instalado o órgão realizado em Paris por Aristide Cavaillé-Coll. No andar superior, em três salas, funcionava o hospital de São Luís, da Confraria do Bem-aventurado São Luís, que socorria todos os franceses pobres e necessitados de auxílio médico. Actualmente o hospital situa-se no Bairro Alto.

Bibliografia
SANTANA, Francisco e SUCENA, Eduardo (dir.), Dicionário da História de Lisboa, 1.ª ed., Sacavém, Carlos Quintas & Associados – Consultores, 1994, pp. 808-810.