O Teatro Nacional abriu as suas portas a 13 de abril de 1846, durante as comemorações do 27.º aniversário da rainha Maria II (1819-1853), passando por isso a exibir o seu nome na designação oficial.

Na inauguração, foi apresentado o drama histórico em cinco actos "O Magriço e os Doze de Inglaterra", original de Jacinto Aguiar de Loureiro. Mas a história do Teatro Nacional D. Maria II começa dez anos antes da sua inauguração.

Na sequência da revolução de 9 de setembro de 1836, Passos Manuel assume a direção do Governo e uma das medidas que tomou nesse mesmo ano foi encarregar, por portaria régia, o escritor e político Almeida Garrett de pensar o Teatro português em termos globais e incumbi-lo de apresentar "sem perda de tempo, um plano para a fundação e organização de um teatro nacional, o qual, sendo uma escola de bom gosto, contribua para a civilização e aperfeiçoamento moral da nação portuguesa”.

Por esse mesmo decreto, Almeida Garrett ficou encarregue de criar a Inspeção-Geral dos Teatros e Espetáculos Nacionais e o Conservatório Geral de Arte Dramática, instituir prémios de dramaturgia, regular direitos autorais e edificar um Teatro Nacional "em que decentemente se pudessem representar os dramas nacionais".

O ambiente romântico que se vive nesta altura em toda a Europa determina a urgência em encontrar um modelo e um repertório dramatúrgicos nacionais, ou seja, o aparecimento de um teatro (e de um repertório) nacional era uma questão não só cultural como, sobretudo, política e assumida como um assunto estreitamente ligado à própria independência da nação, que saíra de tempos conturbados após as invasões francesas e as lutas liberais.

Entre 1836, data da criação legal do teatro, e 1846, data da sua inauguração, o já existente e decrépito Teatro da Rua dos Condes funcionou como provisório Teatro Nacional. Após muita polémica, o local escolhido para instalar o definitivo Teatro Nacional foram os escombros do palácio dos Estaús, antiga sede da Inquisição e que, também em 1836, tinha sido destruído por um incêndio. A escolha de um arquiteto italiano, Fortunato Lodi, para projetar e executar o Teatro Nacional não foi isenta de críticas e só em 1842 Almeida Garrett consegue dar início às obras.

Durante um largo período de tempo, o Teatro Nacional foi gerido por sociedades de artistas que, por concurso, se habilitavam à sua gestão. Após a implantação da República, passou a chamar-se Teatro Nacional de Almeida Garrett. A gestão mais duradoura foi a de Amélia Rey Colaço / Robles Monteiro, que permaneceu no teatro de 1929 a 1964, mas a mais célebre terá sido a da companhia Rosas e Brasão, entre 1881 e 1898, durante a qual foi ousada uma mudança de reportório (primeiras criações de peças de Shakespeare em Portugal).

Em 1964, o Teatro Nacional foi palco de um brutal incêndio que apenas poupou as paredes exteriores e a entrada do edifício. O edifício que hoje conhecemos, e que respeita o original estilo neoclássico, foi totalmente reconstruído e só em 1978 reabriu as suas portas.

Em março de 2004, o Teatro Nacional D. Maria II foi transformado em sociedade anónima de capitais públicos, passando a ser gerido por administração própria e sujeito à superintendência e tutela dos Ministérios das Finanças e da Cultura.

Em 2007, o TNDM II foi integrado no sector empresarial do Estado.