No sítio onde hoje se encontra a Igreja de São João de Deus, foi outrora, uma vacaria erguida por João do Outeiro. Era um espaço riscado pela Estrada das Amoreiras e Rua Alves Torgo e entremeadas de outros caminhos estreitos. Algo difícil de se imaginar hoje. Naquele lugar, hoje Praça de Londres, haveria de se implantar o maior redil de almas de Lisboa.
Com os crescimento de Lisboa ao norte de Arroios, no início dos anos 50 foi necessário estabelecer novas paróquias. Só em Arroios, no censo de 1950, contava com 70 966 almas. O Cardeal Cerejeira, Patriarca de Lisboa, decretou a constituição de novas paróquias: Santa Joana Princesa, Santa Tereza, hoje Doze apóstolos, Santo Anjo de Portugal, São João Evangelista e São João de Deus, entre outras. Construída sem sacrifícios dos paroquianos, o dinheiro veio, em parte substancial, da indemnização do Estado pela demolição da Igreja de Nossa Senhora do Socorro, no Martim Moniz.
António Lino foi o arquitecto escolhido para levar o projecto adiante. Através de seus traços, António Lino aliou a modernidade com o recolhimento, a beleza com a sobriedade, o monumental com o funcional. Ainda rodeou a obra com nomes que hoje são famosos na historia recente de Lisboa e Portugal. Nomes como do engenheiro Gonçalo Leopoldo da Mota, os escultores Leopoldo de Almeida e Soares Branco, o ceramista Jorge Barradas e o pintor Domingos Rebelo.
Na época da construção, António Lino explicou o seu desejo de aproximar os fiéis do altar, vencendo a afastamento obrigatório que existia em relação à assembléia, circunstância que só foi alterada uma década depois com o Concílio Vaticano II.
Em 8 de Março de 1953, na Av. de Roma, Praça de Londres, com a bênção do Cardeal Cerejeira, nascia uma "paróquia gigante".

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